История поселений в Боке Которской начинается в очень древние времена. В пещерах окрестных гор были найдены различные инструменты и керамические изделия, свидетельствующие о том, что человек жил в этих местах с периода неолита, на что указывают также и рисунки на стенах пещеры в Липцах. В античные времена здесь жили племена иллирийцев.

Римская империя начала завоевывать эти земли с III века до н.э., и с 168 года до н.э. здесь правил Рим (а после его падения в 476 году – его наследница Византия). Именно тогда впервые упоминается Котор. В те времена он был известен как «Акрувиум», «Аскрувиум» или «Аскривиум», и относился к древнеримской провинции Далмация. В I веке н.э. Акрувиум упоминает Плиний Старший.

В последующие годы Котор стал центром Боки Которской, именно поэтому залив и носит его имя.

Во времена византийского правления Котор носил название «Декадерон», «Декатерон» или «Декатера» (от ревнегреческого «katareo» – «богатый горячими источниками»). Хотя есть и другая версия происхождения названия. Византийский император Константин VII Порфирогенит (Багрянородный) в X веке пишет в своем труде «Об управлении царством»:

«Название города “Декатера” на языке римлян означает “суженный и окруженный”, поскольку морской залив врезается в сушу в виде языка на 15 или 20 миль, а сам город находится на его конце.»

В 535 году, после изгнания готов, византийский император Юстиниан построил над городом крепость. Второй город, называемый «нижним», по сообщению Константина Багрянородного, возник на холмах вокруг в X веке.

В 840 году город был разграблен арабами.

Византийское правление в Которе несколько раз прерывалось. Так, в 1002 году город был оккупирован Первым Болгарским Царством, но уже в следующем году болгарский царь Самуил уступил Котор Сербии. Однако горожане восстали в союзе с Дубровником, и через некоторое время власть Византии была восстановлена. В середине XI века городом некоторое время правил представитель местной славянской династии Войиславлевичей, правителей примыкающего к Боке Которской сербского региона Зета.

До XI века Котор был в основном романоязычным городом, где говорили на далматинском языке. С тех пор город, известный уже под итальянским названием «Каттаро», на долгие годы стал одним из самых значимых далматинских городов.

Византия правила Котором до 1185 года.