Находится на одноименном острове, в восточной его части, у южного берега Скадарского озера, в 19 км от черногорского городка Вирпазар и в 13 км от границы с Албанией. Обитель построена в период между 1404 и 1417 гг. зетским господарем (1402-1421) Балшей III Балшичем.

Небольшая церковь Успения Пресвятой Богородицы (ныне освященная в честь иконы Божией Матери Троеручница с приделом Св. Иоанна Дамаскина) принадлежит к типу храмов с тремя конхами, характерному для скадарских церквей времен Балшичей. Она тоже была расписана, но следов живописи не сохранилось. Вскоре после строительства к ней был пристроен притвор (ныне в разрушенном состоянии).

Восточнее церкви находился келейный корпус, а южнее – трапезная. Между ними была 4-х этажная башня, остатки которой возвышаются над церковью и сейчас. На верхнем этаже была часовня (также как и в башне монастыря Пречистая Краинская).

Морачник просуществовал недолго и при турецкой власти скоро опустел и дошел до наших дней в полуразрушенном состоянии.

В 1963г. была проведена частичная реставрация, в ходе которой над церковью был восстановлен купол. В 1985г. были проведены археологические работы. На самой высокой точке в центре острова были найдены остатки еще одной церкви Преображения Господня, построенной приблизительно в тоже время, что и Успенская церковь. Рядом с Морачником находится островок Топоана, на котором тоже найдены остатки церкви триконховой основы.

Возрождаться монастырь стал в конце 1990-х гг., когда его настоятелем был назначен иеромонах Йован (Чулибрк), известный сербский православный публицист, работающий в журнале и на радио Светигора .